Kiiskisten sukuseuran DNA-projekti käynnistyi laajamittaisesti talvella 2018, heti suvun Facebook-ryhmän perustamisen jälkeen. Suvun tutkijalla Ari Kolehmaisella oli laaja kokemus eri sukujen DNA-projektien vetämisestä ja tulosten analysoinnista. Kiiskisten projekti on jo alkuvuoteen 2021 mennessä ollut yksi Suomen laajimpia DNA-projekteja ja tuloksiltaan merkittävimpiä. Projekti on perustunut alusta lähtien vapaaehtoisuuteen ja testit ovat olleet omarahoitteisia. Kaikki testeihin osallistuneet ovat olleet mukana kehittämässä sukututkimusta yhä enemmän kohti tiedettä.

DNA-projektin tarkoituksena oli ensinnäkin selvittää, ovatko sukuhaarat samaa alkuperää, toisekseen saada selville, missä Kiiskisen nimi on syntynyt ja mistä Kiiskiset ovat tulleet niille asuinsijoilleen, jossa he asiakirjojen alkaessa asuivat. Lisäksi kiinnostava kysymys oli myös se, onko Kiiskisillä ja Kiiskien suvuilla yhteyksiä.

Kaikista suvun pääsukuhaaroista otettiin aluksi ns. perustestit eli markkeripohjaiset STR-testit (lue lisää kohdasta Geneettinen sukututkimus). Kun havaittiin, että kaikki Kiiskisten kantasukuhaarat ovat samaa isälinjaa eli polveutuvat yhteisestä muinoin eläneestä kantaisästä, alettiin testejä päivittää tarkempiin SNP-pohjaisiin BigY 700-tuloksiin. Näillä saatiin rakennettua Kiiskisten kantasukupuu ja samalla avautui se, että Kiiskiset ovat eräs Savon vanhimpia kantasukuja. Kiiskisten suvun sisältä on ennen asiakirjojen aikaa jo syntynyt nimenvaihdosten kautta uusia sukuja. Kuitenkin Kiiskisten kaukaisimmatkin sukuhaarat ovat sen verran läheisiä, että ne selvästi polveutuvat sukunimiajalla eläneestä kantaisästä.

DNA-projekti selvitti myös sen, että Kiiskinen on savolaislähtöinen suku, ei karjalaistaustainen. Karjalassa esiintyvistä Kiiski-suvuista osa näyttää kuitenkin olevan entisiä Kiiskisiä, mutta asutusvirta on tässä tapauksessa vienyt Kiiskisiä Karjalaan, ei Kiiskejä Savoon. Karjalassa Kiiskisen nimiasulla oli tapana lyhentyä muotoon Kiiski. Kaikki Kiiski-suvut eivät kuitenkaan polveudu Kiiskisistä, vaan on olemassa eri tahoillakin syntyneitä Kiiskejä.

Lähtökohtaisesti oli pidetty mahdollisena, että Kiiskisten suku polveutuu Viipurin Kiiskilästä. DNA-tulokset ovat kuitenkin kääntäneet asetelman päinvastoin: Kiiskiset ovat savolaislähtöisiä, mutta ainakin osa Karjalankannaksen Kiiskeistä voi olla entisiä Kiiskisiä. Tähän mennessä Inkerin Toksovan Kiiskien suku on vahvistettu Kiiskisten jälkeläisiksi.